Direction du Numérique

Site de L'Université

Calcul :

Caractéristiques des machines

Création de compte de calcul

Demande d'accès au Cloud

Le personnel du CCUB

Messagerie :

Messagerie du personnel

Messagerie des étudiants

Demande d'entrée dans le SI

Listes diffusion

Création de liste

Accueil > Site Public > Calcul > Logiciels

R Project

Publié le 13 mars 2012, mis a jour le 9 mai 2012

Export en PDF :

Site officiel

http://www.r-project.org/

Versions installées

Plusieurs versions sont installées, avec divers "packages" additionnels :

2.11
2.13
2.15

Pour afficher la liste des versions disponibles, taper la commande :

module avail R

Utilisation en mode interactif

Il suffit de charger l’environnement pour la version souhaitée et de taper la commande R.

module load R/2.13.0
R

Pour sortir du shell de R, taper q().

Utilisation en mode batch

En mode batch, il faut charger l’environnement comme en mode interactif, puis créer un script jobR qui utilise une commande "R CMD BATCH ...fichier.R", et créer le "fichier.R" qui contient des contient des commandes R.

Fichier de soumission jobR :

#!/bin/ksh

R CMD BATCH fichier.R

Fichier de commandes fichier.R (exemple) :

x <- c(1.6907, 1.7242, 1.7552, 1.7842, 1.8113,1.8369, 1.8610, 1.8839)
y <- c( 6, 13, 18, 28, 52, 53, 61, 60)
n <- c(59, 60, 62, 56, 63, 59, 62, 60)
fn <- function(p)
        sum( - (y*(p[1]+p[2]*x) - n*log(1+exp(p[1]+p[2]*x)) + log(choose(n, y)) ))
out <- nlm(fn, p = c(-50,20), hessian = TRUE)
sqrt(diag(solve(out$hessian)))
q()

Soumission du job :

module load R/2.13.0
qsub -q seq jobR

Un fichier nommé fichier.Rout va être créé, il contient les résultats.

Date de création: septembre 1994
Contact : ccub@u-bourgogne.fr
Ce site requiert l'activation de Javascript sur votre navigateur pour fonctionner dans son intégralité.